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基因转录调控网络模型

刘化锋1,王文燕2   

  1. 1. 山东省计量科学研究院, 山东济南250014; 2. 山东体育学院, 山东济南250063
  • 收稿日期:2006-03-29 修回日期:1900-01-01 出版日期:2006-10-24 发布日期:2006-10-24
  • 通讯作者: 刘化锋

Mathematical models for reconstructing transcriptionalregulatory networks

LIU Hua-feng1,WANG Wen-yan2   

  1. 1. Shandong Institute of Metrology, Jinan 250014, Shandong, China;2. Shandong Institute of Physical Education, Jinan 250063, Shangdong, China
  • Received:2006-03-29 Revised:1900-01-01 Online:2006-10-24 Published:2006-10-24

摘要: 摘要:基因转录调控网络是细胞内基因之间的相互作用关系的整体表示,是生命功能在基因表达层面的展现. 最近多种生物信息学(计算分子生物学)工具和高通量实验技术的发展,使得重建复杂的基因调控网络成为可能. 基因调控网络模型试图从DNA微阵列等海量数据中推断基因之间的调控关系,从而揭示复杂的生命现象, 虽远未完成,但从现有实验数据中重建基因调控网络的工作可以促进在分子和遗传水平上系统地剖析细胞的功能,是功能基因组学中的重要研究内容,也是当前生物信息学和系统生物学研究的最具挑战性的前沿课题之一. 简要评述了几类典型数学模型的最新研究进展.

关键词: 基因调控网络, 贝叶斯网络, 生物信息学 , 模型, 转录模块

Abstract: Transcriptive regulatory networks are the global representation of multiple interactions between genes and their products, which can help us understand the cell's function at the level of gene expression. Recent research advances in multiple bioinformatics (computational molecular biology) and highthroughout experimental technologies have made the reconstruction of transcriptive regulatory networks possible. The study of transcriptive regulatory networks intends to infer regulations between genes from microarray data, and reveals the complex life of cell. Also far from being completed, the ability to recreate transcriptive regulatory networks from available experimental data facilitates the systematic dissection of cell function. The research of transcriptive regulatory networks is an important topic in functional genomics, and one of the most challenging questions in the front of bioinformatics and system biology. Several typical mathematical models and their new research developments are discussed concisely.

Key words: bioinformatics , model, transcriptive modules, Bayesian networks, transcriptive regulatory networks

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